1.规范性发展不够。农牧民专业合作社的发展对组织结构有特殊的要求，即民有“民管”和“民受益”，在发展和运行中需要有一套独特的条件和运行机制，因而其组建和发展具有一定的难度。只有满足一定的规范性要求，才能实现其良好的运行和发展基础。从农民专业合作社法颁布前就存在的合作社和颁布后成立的合作社的运行状况来看其不规范性是普遍存在的。
2.规模过小，覆盖面偏低，合作紧密性不强，功能和作用有限。截止目前我盟农牧民专业合作社已有一定程度的发展，但数量相对较少，覆盖面低，合作社的规模不大。入社农牧户占农村牧区总户数的比例小，同时，农牧民专业合作社在不同地区的发展不平衡，尤其是在一些重点产业和优势区域发展不足，比较有规模和符合我盟优势农畜产品发展规划需要的跨地区，全行业的专业合作社仍然缺乏，与我盟农牧业市场经济的发展，现代农牧业发展的需要和应对国际竞争的需要差距还很大。
3.内部制度多数不健全，体制创新任重道远。一是在社员管理上，缺乏基本的加入和退出手续，仅靠一本花名册作为成员的入社的凭证和身份证明。二是在产权的划分上，乡镇、行政村、自然村、专业合作社之间的产权划分不清晰，占有权，使用权，收益权，处分权的归属不确定。三是在民主管理上，虽然大部分农牧民专业合作社都拟定了章程成立了理事会，监事会等组织机构，但仍有一部分组织，社务不够公开，运作和管理随意性较大。四是。在名称上，有的本是合作社性质，却挂协会的牌子。有的本是协会的性质，却挂合作社牌子。有的本是公司企业性质，却也挂上了专业合作社的牌子，戴上了农牧民专业合作社的‘红帽子’。五是在财务管理上，一些合作社没有独立的财务，账目没有公开或根本没有财务账目，大部分没有根据农民专业合作社法的要求设立社员个人账户。六是在利益分配上，农牧民专业合作社与成员的利益关系还不够明确和密切，尤其是缺乏将‘劳合’确定为农牧民专业合作社利益分配的主要或唯一的机制。七是在内部控制上，部分农牧民专业合作社要么是大户控制，要么是公司控制，要么是其他各种外部力量控制，使合作社并不是农牧民自己的组织。(乌拉盖俞万海 20130618)
